Pour des raisons d'organisation et faciliter les tâches de chacun et de chacune dans l'OPIN, il a été nécessaire de fonder le terme d'instance dans l'OPIN depuis sa fondation. Les instances interne sont des commissions ou des assemblées ne figurant pas dans les titres de spécialités ou d'échelons, tel que la commission Mescoat ou l'Assemblée Générale. De manière évidente, ils sont spécifiques à un ou plusieurs objectifs. Un membre externe, n'y étant pas employé dans l'OPIN ne peut pas devenir membre d'une instance interne, sauf sous l'ordre exceptionnel de l'A.G.

Avant la concrétisation des instances, l'OPIN était considéré comme un groupe mineur n'ayant pas besoin d'une grande organisation. Quelques mois après sa concrétisation, le mot d'ordre a changé. L'OPIN s'est agrandit, a vu ses capacités être améliorées et son prestige devenir davantage reconnu. Le 28/03/2026, les quatre (4) instances actuellement présentes ont été mises en valeur et figurent désormais de l'organisation du personnel pour des raisons d'amélioration de l'organisation et de chemins. Malgré tout, les instances internes restent notées comme des qualifications secondaires, n'ayant donc pas forcément d'impact sur la vie au quotidien du membre du personnel.

Les instances sont des éléments stratégiques, des désignations utiles ou bien des missions indépendantes de certains pôles. Après le premier volet de l'Assemblée Générale, des multiples réformes organisationnelles ont été mises en place, incluant certaines concernant directement ces instances. Désormais, les instances possèdent un pouvoir davantage détaché des rôles habituels des pôles (de façon global) pour éviter des conflits d'intérêts ou un chevauchement de travail.